《九陰真經》的故事背景取自明朝初年，這個時代是中國封建帝王勢力的頂峰，有著高度集中的皇權和東廠、錦衣衛這些介乎於朝廷和江湖的各種勢力。也是江湖武林從唐朝的雛形，到宋元的發展，至明朝形成前所未有的盛世。這個時代的中原政權穩定，使這個時期的江湖脫離了宋元時僅僅在於輔助軍隊作戰的作用，形成了以武會友，崇尚個人武學的空前大發展，是一個最自由，最鼎盛的江湖。 

    時代起源於明朝洪武元年，明太祖朱元璋性格多疑，登基後正兩興大獄，誅殺功臣，為了鞏固帝位，消滅隨滅元而日漸強大的江湖勢力而暗自布下眾多錦衣衛隱入江湖，搜集天下武學以編撰號稱武學總綱的《武定籍》，而這一宏偉的計劃卻在中途因太祖去世和明成祖朱棣的殺侄奪位而改變，而《九陰真經》等武學秘籍因此流落江湖，從而使這個時代的各類武學融會貫通並產生了武學的大革命，與此同時不僅是傳統武學發生了演變而為之精進，還湧現出了以專克中原武學的西域武學，及逆修任督的燕門密宗等諸多勢力，自此絢爛多彩的明朝武林展開序幕。

第一章 壯士大漠卒 妻兒百恨生

    一三七一年，大俠蕭鴻萬率領民間義士助朱元璋滅元，建立大明王朝後，又受其委託，前往漠北暗殺北元第一名將王保保。事成，蕭鴻萬卻為掩護大家，受埋伏而死。眾人冒生命危險搶到其屍身，帶回中原與一處僻靜祥和的桃源小村安葬。蕭妻丁還鳳怨眾人只顧自己逃跑，未救得其夫性命，懷恨在心。彼時，蕭鴻萬長子蕭天放正隨丐幫長老習武，周遊各地。丁還鳳便帶著九歲的次子蕭天晴拜訪故人——萬蘇山莊莊主蕭千秋。蕭昔日對丁一見鍾情，念念不忘至今，且多年未娶。為使蕭千秋將對其的關愛之心轉移到次子身上，外柔內剛的丁還鳳將天晴鄭重托付給他後，自絕於蕭家門前，以身殉夫。

第二章 君王腹中黑 侠客心胆寒

    俠士們回來後，朱元璋欲論功行賞，謀士劉基卻與大家作了一次徹夜長談，指出朱元璋此人只能共苦，不可同甘。次日，眾人向朱元璋表明希望回歸民間，過閒雲野鶴的自由生活。一同請辭的，還有當年滅大元，遠征漠北的名將郭伽。朱元璋佯允他們在大明疆土上任意走動，暗中卻寫下密詔，待政局徹底穩定後，暗中組織秘密機構將江湖勢力一網打盡，以保大明太平。

第三章 圣域魔刀现 华山六圣出

    一晃，已經十七年過去，雪山聖域第一高手綠涯因修煉邪門武功《血海魔刀》被逐出師門，從此脫離雪山聖域，自稱魔刀老祖。此年冬天，華山玉女峰比劍大會上誕生了六大當世高手，人稱六聖。除追求至邪境界的魔刀老祖綠涯和亦正亦邪、玩世不恭的暗器高手黑白子外，其餘四人皆隨蕭鴻萬遠赴漠北暗殺過名將王保保，彼此情同手足。九宮劍客出自九宮山，內功劍術天下第一。神僧玄鑒一人獨習少林七十二絕技中的二十二技，是少林百年難得一見的武學奇才。名將郭伽精通兵法佈陣，更曾得高人指點精妙無雙的點穴功。而出身武林名門的世家高手林天南則憑著天下第四的武功和無可比擬的領導才華被眾人推舉為武林盟主。

第四章 齐心斗外域同途却异路

    兩年後，自成一脈體系的外域武林前來中原挑釁，六聖率領中原高手重挫外域武林的銳氣，使其大敗而歸，六聖聯手抗擊外域武林，也成為江湖上一段津津樂道的佳話。

    只可惜，這是他們第一次，也是最後一次的聯手。不久之後，魔刀老祖綠涯邪功登頂，成魔，憑借手中的百夜魔刀橫行江湖，濫殺無辜，每日以百人之血喂刀，成為武林公敵。玄鑒神僧與綠涯曾有一戰，因玄鑒心懷度化仁念，以一招惜敗，從此江湖上更是聞魔刀老祖而色變。直到事隔一年，九宮劍客重出江湖，與魔刀老祖在紫禁之巔對決三天三夜，使出江湖上失傳已久的絕學秘笈——《九陰真經》中的武功，將魔刀老祖打敗，百夜魔刀亦隨之損毀。魔刀老祖似有所悟，棄刀而去，半年後逝於大漠。

    六聖只剩下五人，黑白子性情偏頗，行跡古怪，不屑於正邪兩道。自與西域大輪寺火工頭陀比武勝利後便不知所蹤。九宮劍客此戰之後，自封九宮老人，歸隱九宮山。無數江湖中人前來尋訪，奈何九宮山千峰險峻，萬壑竟幽，眾人竟是尋他不得。昔日的郭伽將軍則以神機老人自詡，隱居蓬萊鑽研奇門遁甲、五行八卦。不久之後，玄鑒神僧因癡迷藏經閣武學而耽誤救人，愧疚之下自逐少林，遠走他鄉。六聖中，只有林天南仍然是武林的領袖。

    不過那年，武林中又誕生了新的門派——君子堂。名動天下的萬蘇山莊「別情公子」蕭別情，馭船入太湖賞月，偶遇綠衣小築「玉筆先生」石硯冰，兩人一見如故，成為摯友，並決定建立君子堂，用來結交與他們一樣滿腹才情且精通樂律舞技之人，同時將他們所悟武學傾囊傳授。蕭別情正是當年的蕭天晴，只因養父與生父同姓而不為江湖人所知。此事，就連其親生兄長，已經成為丐幫幫主的蕭天放亦蒙在鼓裡。蕭別情自知其兄受丐幫大恩，未免使天放為難，便決意此生不再相認。另一方面，其受母親影響甚深，認為所謂的名門正派皆是道貌岸然的偽君子，與之格格不入，君子堂因而成為繼唐門世家之後又一大中立門派。