《會長大人是古龍Online》故事是由就讀大學二年級的學生會會長-古龍美咲，在一次誤打誤撞情況下撿到一本泛黃的古龍小說，好奇心驅使她翻閱了幾頁，沒想到竟然意外的穿越時空來到古龍的故事中，古龍美咲必須與各故事中的主角並肩作戰，完成每篇故事的經歷才能回到現代，玩家在遊戲中扮演穿越時空的會長，將在遊戲中與上百位古龍筆下知名角色，例如楚留香、陸小鳳、西門吹雪等一同冒險，撰寫自己最經典的武林詩篇。